Как обновить систему без обновления модуля "Канцелярия"

В процессе внедрения системы часто модифицируется стандартная разработка модулей системы ("Канцелярия", "Управление договорам"). Зачастую изменения бывают очень существенные, разработка адаптируется под бизнес-процессы Заказчика. При обновлении возникают сложности с переносом заказных модификаций...